uni-app 并非“只能”用 npm，但在官方脚手架（vue-cli 插件）和 HBuilderX 的默认工作流里，node_modules 的目录结构被硬编码成了 npm/yarn 的扁平模式。
pnpm 默认采用“全局 store + 符号链接”的嵌套结构，这会让 uni-app 的编译插件、webpack 配置以及 HBuilderX 的依赖扫描逻辑找不到包，于是出现：

• 运行时报 Cannot find module xxx
• 编译小程序时卡死或白屏
• HBuilderX 的语法提示、类型声明丢失

只要把 pnpm 的目录结构“降级”成扁平模式，就可以正常安装和运行。做法很简单：

1. 项目根目录新建 .npmrc
2. 写入

   shamefully-hoist=true
   auto-install-peers=true
   strict-peer-dependencies=false
   

3. 删除原 node_modules 与 pnpm-lock.yaml，重新 pnpm i

实测 CLI 项目与 HBuilderX 均可正常 dev/build。
因此，uni-app 并不是“不支持 pnpm”，而是需要额外配置；官方文档暂未强调这一点，所以社区普遍误以为只能用 npm。