简介

• 全外显子组测序（WES）检测HLA基因中的体细胞突变受到HLA基因座的高度多态性的阻碍。描述一种计算管道，其能够准确推断I类HLA-A，-B和-C基因的种系等位基因，并使用推断的等位基因作为参考随后检测这些基因中的突变。
• Polysolver官方网站

样机配置

• CPU

  鲲鹏920

• 系统

  openEuler 20.03 (LTS)

• 内核

  4.19.90-2003.4.0.0036.oe1.aarch64

路径规划

• 选定根目录如 $root

  mkdir -p $root && cd $root
  mkdir Polysolver
  复制

下载

• Polysolver :

  cd $root/Polysolver && git clone https://github.com/jason-weirather/hla-polysolver.git
  复制

基础环境依赖

• 详见

安装

• 进入目录

  cd $root/Polysolver/hla-polysolver
  复制

• 部署

  conda create --name hla-polysolver python=3.9
  conda activate hla-polysolver
  source config.bash
  复制

• 验证

  ./scripts/shell_call_hla_type