Scalpel 鲲鹏部署

简介

• Scalpel用于检测参考基因组中的INDEL（插入和删除）突变，该参考基因组已使用下一代测序技术（例如Illumina）进行了测序。
• Scalpel 旨在执行特定感兴趣区域的局部微组装，目的是检测具有高精度和更高功率的突变。它基于 de Bruijn图组装范式，并实施动态重复组成分析以及自调整 k-mer 策略，以增加以复杂重复结构为特征的区域的特异性。
• Scalpel官方网站

样机配置

• CPU

  鲲鹏920

• 系统

  openEuler 20.03 (LTS)

• 内核

  4.19.90-2003.4.0.0036.oe1.aarch64

路径规划

• 选定根目录如 $root

  mkdir -p $root && cd $root
  mkdir Scalpel
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基础环境依赖

• 详见

下载

• Scalpel : 0.5.4

  cd $root/Scalpel && wget -qO- https://udomain.dl.sourceforge.net/project/scalpel/scalpel-0.5.4.tar.gz | tar -zx
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• Bamtools : 2.5.2

• 详见

安装

• 解压

  cd $root/Scalpel/scalpel-0.5.4
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• 编译安装

  make -j48
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• 配置环境变量

  echo "# Scalpel" >> /etc/profile
  echo "export PATH=$PATH:$root/Scalpel/scalpel-0.5.4" >> /etc/profile
  echo "# End Scalpel" >> /etc/profile
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• 重加载环境变量

  source /etc/profile
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验证

• scalpel-discovery