CANN赋能医疗影像分析:肺部CT智能辅助诊断系统实践
import tbe# 定义3D卷积算子计算逻辑# 1. 获取输入和权重的形状信息# 2. 检查输入参数合法性if groups!= 1:# 3. 计算输出形状# 考虑padding和stride计算输出维度# 4. 实现优化的3D卷积计算# 使用TVM的计算表达式描述3D卷积# 针对昇腾AI处理器的特性进行优化# 4.1 输入数据填充else:# 4.2 执行3D卷积计算# 使用滑动窗口和矩阵乘
文章目录
- CANN官网: https://www.hiascend.com/cann

项目背景
在肺部疾病筛查与诊断领域,CT影像分析是临床诊断的重要依据。某三甲医院每天产生超过2000例肺部CT影像数据,传统的人工阅片方式存在效率低、漏诊率高、受医生经验影响大等问题。尤其在早期肺癌筛查中,直径小于5mm的小结节极易被漏诊,而早期发现对患者预后至关重要。
为提升肺部疾病诊断效率和准确性,该医院与华为合作,基于CANN(神经网络异构计算架构)构建了一套肺部CT智能辅助诊断系统,实现了肺结节的自动检测、良恶性鉴别和结构化报告生成。
项目挑战
在系统开发过程中,团队面临以下核心挑战:
- 数据规模大:单例肺部CT包含300-500层图像,每层512×512像素,每天2000例数据量达数百GB。
- 模型复杂度高:3D卷积神经网络模型参数量超过100M,计算复杂度高,传统计算平台难以满足实时性要求。
- 精度要求严格:医疗诊断对模型精度要求极高,肺结节检测召回率需达到95%以上,假阳性率需控制在5个/例以下。
- 部署环境多样:需要在不同环境(医院数据中心、科室工作站、移动设备)灵活部署。
系统整体架构
系统采用基于CANN的分层异构计算架构,充分发挥昇腾AI处理器的计算优势:
核心架构组件:
- 数据采集层:负责DICOM格式CT影像数据的采集、传输和存储
- 预处理层:基于CANN的图像处理加速库,实现CT图像的去噪、增强、标准化等预处理
- 计算引擎层:采用昇腾910和昇腾310处理器混合部署,实现模型训练和推理加速
- 模型层:包含3D CNN肺结节检测模型、特征提取模型和良恶性鉴别模型
- 应用层:提供医生工作站、报告系统和远程会诊接口
通过CANN的统一编程接口AscendCL,实现了从底层硬件到上层应用的无缝对接,确保了系统的高效运行和灵活部署。
CANN技术应用方案
1. 异构计算资源调度
系统基于CANN的Device管理能力,实现了对昇腾910和昇腾310处理器的统一管理和调度:
import ascendcl as acldl
import threading
import queue
class DeviceManager:
def __init__(self):
# 初始化CANN环境
self.acl_config = acldl.AclConfig()
self.acl_config.init()
# 获取可用设备数量
self.device_count = self.acl_config.get_device_count()
# 创建设备上下文池
self.device_contexts = []
self.context_locks = []
for i in range(self.device_count):
context = acldl.AclContext()
context.create(i)
self.device_contexts.append(context)
self.context_locks.append(threading.Lock())
# 任务队列
self.task_queue = queue.Queue()
self.workers = []
# 启动工作线程
for i in range(self.device_count):
worker = threading.Thread(target=self._process_task, args=(i,))
worker.daemon = True
worker.start()
self.workers.append(worker)
def submit_task(self, task_type, data, callback=None):
# 提交任务到队列
task = (task_type, data, callback)
self.task_queue.put(task)
def _process_task(self, device_id):
# 处理任务
while True:
task_type, data, callback = self.task_queue.get()
# 加锁确保设备上下文的独占访问
with self.context_locks[device_id]:
try:
# 切换到当前设备上下文
self.device_contexts[device_id].set_current()
# 根据任务类型处理数据
if task_type == "preprocess":
result = self._preprocess(data)
elif task_type == "inference":
result = self._inference(data)
elif task_type == "postprocess":
result = self._postprocess(data)
# 执行回调函数
if callback:
callback(result)
except Exception as e:
print(f"Error processing task on device {device_id}: {e}")
finally:
# 标记任务完成
self.task_queue.task_done()
def _preprocess(self, data):
# 图像预处理实现
# ...
return processed_data
def _inference(self, data):
# 模型推理实现
# ...
return inference_result
def _postprocess(self, data):
# 后处理实现
# ...
return postprocessed_result
def __del__(self):
# 释放资源
for context in self.device_contexts:
context.destroy()
self.acl_config.finalize()
2. 模型优化与加速
针对3D CNN模型计算复杂度高的问题,团队利用CANN的算子优化和模型压缩技术进行了深度优化:
import ascendcl as acldl
import numpy as np
import torch
from torch import nn
class LungNoduleModel:
def __init__(self, model_path, device_id=0):
# 初始化CANN环境
self.acl_config = acldl.AclConfig()
self.acl_config.init()
# 创建设备上下文
self.context = acldl.AclContext()
self.context.create(device_id)
self.context.set_current()
# 加载优化后的模型
self.model = acldl.AclModel(model_path)
# 获取模型输入输出信息
self.input_desc = self.model.get_input_desc(0)
self.output_desc = self.model.get_output_desc(0)
# 创建输入输出缓冲区
self.input_buf = acldl.AclBuffer(self.input_desc.get_size())
self.output_buf = acldl.AclBuffer(self.output_desc.get_size())
print(f"LungNoduleModel initialized on device {device_id}")
def preprocess(self, ct_data):
# CT数据预处理
# 1. 窗宽窗位调整
ct_data = self._adjust_window(ct_data, window_center=-600, window_width=1500)
# 2. 归一化
ct_data = (ct_data - np.mean(ct_data)) / np.std(ct_data)
# 3. 尺寸调整为模型输入大小
ct_data = self._resize(ct_data, target_shape=(1, 1, 64, 64, 64))
# 4. 数据格式转换
ct_data = ct_data.astype(np.float32)
return ct_data
def _adjust_window(self, data, window_center, window_width):
# 窗宽窗位调整
min_value = window_center - window_width // 2
max_value = window_center + window_width // 2
data = np.clip(data, min_value, max_value)
data = (data - min_value) / (max_value - min_value)
return data
def _resize(self, data, target_shape):
# 图像尺寸调整
# ... (实现3D图像resize逻辑)
return resized_data
def inference(self, preprocessed_data):
# 执行模型推理
# 1. 将数据拷贝到设备内存
self.input_buf.copy_from_host(preprocessed_data.tobytes())
# 2. 执行推理计算
self.model.execute([self.input_buf], [self.output_buf])
# 3. 从设备内存读取结果
output_data = np.frombuffer(self.output_buf.copy_to_host(), dtype=np.float32)
# 4. 解析输出结果
output_shape = self.output_desc.get_shape()
output_data = output_data.reshape(output_shape)
return output_data
def postprocess(self, output_data, threshold=0.7):
# 后处理,提取肺结节信息
nodules = []
# 遍历输出结果,提取置信度大于阈值的结节
for i in range(output_data.shape[1]):
for j in range(output_data.shape[2]):
for k in range(output_data.shape[3]):
prob = output_data[0, i, j, k, 0]
if prob > threshold:
# 计算结节的世界坐标
# ... (坐标转换逻辑)
# 提取结节特征
# ... (特征提取逻辑)
nodules.append({
'position': (i, j, k),
'probability': float(prob),
'size': 5.0, # 示例值
'features': nodule_features
})
return nodules
def process(self, ct_data):
# 完整处理流程
preprocessed_data = self.preprocess(ct_data)
output_data = self.inference(preprocessed_data)
nodules = self.postprocess(output_data)
return nodules
def __del__(self):
# 释放资源
self.input_buf.destroy()
self.output_buf.destroy()
self.context.destroy()
self.acl_config.finalize()
3. 基于TBE的自定义算子开发
为进一步提升系统性能,团队针对3D卷积等计算密集型操作,利用CANN的TBE(Tensor Boost Engine)开发框架,开发了专用的优化算子:
import tbe
from tbe import tvm
from tbe.common.register import register_op_compute
from tbe.common.utils import shape_util
@register_op_compute("optimized_3d_conv")
def optimized_3d_conv_compute(input_x, weight, output_y,
stride, pad, dilation,
groups, dtype="float32",
kernel_name="optimized_3d_conv"):
# 定义3D卷积算子计算逻辑
# 1. 获取输入和权重的形状信息
shape_input = shape_util.shape_to_list(input_x.shape)
shape_weight = shape_util.shape_to_list(weight.shape)
# 2. 检查输入参数合法性
if groups != 1:
raise ValueError("Only groups=1 is supported currently")
# 3. 计算输出形状
n, c, d, h, w = shape_input
kd, kh, kw, ic, oc = shape_weight
# 考虑padding和stride计算输出维度
out_d = (d + 2 * pad[0] - kd) // stride[0] + 1
out_h = (h + 2 * pad[1] - kh) // stride[1] + 1
out_w = (w + 2 * pad[2] - kw) // stride[2] + 1
# 4. 实现优化的3D卷积计算
# 使用TVM的计算表达式描述3D卷积
# 针对昇腾AI处理器的特性进行优化
# 4.1 输入数据填充
if sum(pad) > 0:
padded_input = tbe.tdnn.pad(input_x, pad, pad_mode="constant", pad_value=0.0)
else:
padded_input = input_x
# 4.2 执行3D卷积计算
# 使用滑动窗口和矩阵乘法相结合的优化策略
# 充分利用昇腾AI Core的矩阵计算能力
k = tvm.reduce_axis((0, ic), name='k')
kd_axis = tvm.reduce_axis((0, kd), name='kd')
kh_axis = tvm.reduce_axis((0, kh), name='kh')
kw_axis = tvm.reduce_axis((0, kw), name='kw')
conv = tvm.compute(
(n, oc, out_d, out_h, out_w),
lambda n, oc, d, h, w: tvm.sum(
padded_input[n, k, d*stride[0]+kd_axis, h*stride[1]+kh_axis, w*stride[2]+kw_axis].astype(dtype) *
weight[kd_axis, kh_axis, kw_axis, k, oc].astype(dtype),
axis=[k, kd_axis, kh_axis, kw_axis]
),
name="conv"
)
# 5. 返回计算结果
return conv
# 注册算子调度策略
@register_op_schedule("optimized_3d_conv")
def optimized_3d_conv_schedule(attrs):
# 定义算子调度策略
# 针对3D卷积的特点进行调度优化
# ... (调度策略实现)
return sch
# 注册算子原型
@register_op_proto("optimized_3d_conv")
def optimized_3d_conv_proto():
# 定义算子原型
# ... (原型定义)
4. 内存优化与并行处理
系统利用CANN的内存管理和Stream机制,实现了数据的高效处理和任务的并行执行:
import ascendcl as acldl
import numpy as np
class MemoryOptimizer:
def __init__(self, device_id=0):
# 初始化CANN环境
self.acl_config = acldl.AclConfig()
self.acl_config.init()
# 创建设备上下文
self.context = acldl.AclContext()
self.context.create(device_id)
self.context.set_current()
# 创建Stream用于异步执行
self.stream = acldl.AclStream()
self.stream.create()
# 内存池管理
self.memory_pool = {}
def alloc_memory(self, size, memory_type="device"):
# 分配内存
if size in self.memory_pool:
# 如果内存池中已有合适大小的内存块,直接复用
return self.memory_pool[size].pop()
else:
# 否则创建新的内存块
if memory_type == "device":
return acldl.AclBuffer(size)
elif memory_type == "host":
return np.zeros(size, dtype=np.byte)
def free_memory(self, buffer, size):
# 释放内存到内存池
if size not in self.memory_pool:
self.memory_pool[size] = []
self.memory_pool[size].append(buffer)
def copy_data_async(self, src, dst, size):
# 异步数据拷贝
if isinstance(src, np.ndarray) and isinstance(dst, acldl.AclBuffer):
# 主机到设备
return dst.copy_from_host_async(src.tobytes(), size, self.stream)
elif isinstance(src, acldl.AclBuffer) and isinstance(dst, np.ndarray):
# 设备到主机
return src.copy_to_host_async(dst.tobytes(), size, self.stream)
def synchronize(self):
# 同步Stream
self.stream.synchronize()
def __del__(self):
# 释放所有资源
for buffers in self.memory_pool.values():
for buffer in buffers:
if isinstance(buffer, acldl.AclBuffer):
buffer.destroy()
self.stream.destroy()
self.context.destroy()
self.acl_config.finalize()
技术创新点
1. 3D卷积优化技术
团队针对3D CNN模型的特点,利用CANN的TBE开发框架,设计了优化的3D卷积算子。通过以下技术手段提升性能:
- 分块计算:将3D卷积分解为多个2D卷积操作,充分利用昇腾AI处理器的2D矩阵计算能力
- 权值重排:优化卷积核的存储格式,提高内存访问效率
- 数据预取:通过预取数据到缓存,减少内存访问延迟
优化后的3D卷积算子计算效率提升了2.5倍,模型推理速度提升了1.8倍。
2. 混合精度计算
系统采用CANN的混合精度计算功能,在保证模型精度的前提下,提升计算效率:
- 前向传播使用FP16精度,减少内存占用和计算量
- 关键层和反向传播使用FP32精度,确保训练稳定性和模型精度
- 使用CANN提供的精度校准工具,对量化误差进行补偿
混合精度计算使模型训练速度提升了1.5倍,推理速度提升了1.3倍,同时内存占用减少了50%。
3. 多任务并行处理
基于CANN的Stream机制,系统实现了多任务的并行处理:
- 图像预处理、模型推理和后处理在不同Stream中并行执行
- 多个患者的CT数据在不同设备上并行处理
- 同一患者的不同部位数据在同一设备上的不同Stream中并行处理
多任务并行处理使系统整体吞吐量提升了2倍以上,单例CT的处理时间从原来的45秒缩短至18秒。
项目成效
通过CANN技术的深度应用,肺部CT智能辅助诊断系统取得了显著成效:
- 诊断效率大幅提升:单例肺部CT的处理时间从人工阅片的10-15分钟缩短至18秒,每天2000例CT影像的处理时间从原来的10天缩短至2小时以内。
- 诊断准确性显著提高:肺结节检测召回率达到97.3%,假阳性率控制在3.2个/例以下,相比人工阅片的92%召回率有明显提升。
- 医生工作强度降低:医生从繁琐的影像细节排查中解放出来,专注于疑难病例的诊断和治疗方案制定,工作效率提升了40%以上。
- 早期肺癌检出率提升:直径小于5mm的肺小结节检出率从原来的75%提升至95%以上,为患者争取了宝贵的治疗时间。
总结
-
该肺部CT智能辅助诊断系统的成功实践,充分展示了CANN在医疗AI领域的巨大潜力。通过CANN的高性能计算能力、灵活的适配特性和丰富的优化工具,项目团队成功解决了传统医疗影像分析中面临的效率低、精度差、成本高等问题,为医疗行业的智能化转型提供了可复制、可推广的解决方案。
-
随着CANN技术的不断发展和完善,未来将在更多医疗场景中发挥重要作用,如多模态医学影像分析、智能手术规划、医疗资源优化等。特别是在当前背景下,CANN 作为自主创新的异构计算架构,将为我国医疗 AI 的发展提供有力支撑。
正如项目负责人所说:“CANN技术不仅提升了我们的诊断效率和准确性,更重要的是,它为医生提供了一个强大的辅助工具,使他们能够为患者提供更好的医疗服务。我们相信,随着CANN生态的不断完善,将会有更多创新应用在医疗领域落地。”
鲲鹏昇腾开发者社区是面向全社会开放的“联接全球计算开发者,聚合华为+生态”的社区,内容涵盖鲲鹏、昇腾资源,帮助开发者快速获取所需的知识、经验、软件、工具、算力,支撑开发者易学、好用、成功,成为核心开发者。
更多推荐


所有评论(0)