生物信息学入门必须掌握的一个基本技能是学会Linux操作系统的使用。如果自己课题组有服务器当然最好，但是如果没有，获取linux操作系统有三个方法：

• 安装虚拟机

• 在自己电脑上安装linux子系统

• 购买云服务器

我推荐购买云服务器的方法，云服务器有比较新的高性能计算资源，可以根据任务需求灵活调整，还有预配置的环境，相对来说可以节省很多时间和精力。

终端连接到服务器

Linux是区别于windows的一套操作系统，是连接计算机硬件和应用软件的桥梁。我们先不讲复杂的来源与原理，在使用中体会linux。

可以选择不同的linux终端工具（Finalshell、Xshell、MobaXterm等）连接到服务器。

Finalshell下载链接：

https://www.hostbuf.com/t/988.html

安装之后：

上图黑色面板就是终端（shell)，shell是用户跟内核（kernel）交互的对话界面。shell有很多种类，只要能给用户提供命令行环境的程序，都可以看作shell。

命令

Linux系统下通过命令调用文件和软件，执行一个简单的命令pwd（显示目前所在的目录）：

• 命令解析：

root：表示用户名；root用户拥有操作系统的一切权限。

share-gx3t68ba33：表示主机名；

~：表示目前所在目录为家目录，其中root用户的家目录是 /root普通用户的家目录在 /home 下；

#：指示你所具有的权限（root用户为# ，普通用户为$ ）。

执行whoami命令可以查看当前用户名；

执行hostname命令可以查看当前主机名；

• 命令格式：

command parameters（命令 参数） #eg: #单个参数：ls -a（a 是英文 all 的缩写，表示“全部”）   #多个参数：ls -al（全部文件 + 列表形式展示）   #单个长参数：ls --all   #多个长参数：ls --reverse --all   #长短混合参数：ls --all -l

• 文件和命令操作：

ls（英文全拼：list files）: 列出目录及文件名cd（英文全拼：change directory）：切换目录pwd（英文全拼：print work directory）：显示目前的目录mkdir（英文全拼：make directory）：创建一个新的目录rmdir（英文全拼：remove directory）：删除一个空的目录cp（英文全拼：copy file）: 复制文件或目录rm（英文全拼：remove）: 删除文件或目录mv（英文全拼：move file）: 移动文件与目录，或修改文件与目录的名称find :查找文件或目录 find /path -name “filename.txt"touch : 创建空文件或更新文件时间戳

• 文件权限：

chmod ：修改文件权限。示例：chmod 777 -R filename（设置全局读写执行）chown:   修改文件所有权。chown usr:group file.txtstat: 查看文件详细信息。stat file.txt

• 文件内容操作：

cat : 查看文件内容。cat file.txtmore: 分页查看文件内容。more file.txthead:查看文件的前几行。head -n 10 file.txttail:查看文件的后几行。tail -n 10 file.txtnano、vim：编辑文件内容

• 作业控制：

&：后台运行jobs：查看当前作业列表fg：将后台作业切换到前台bg：将作业转为后台运行kill：终止进程ps：查看当前进程。ps aux，ps -ef

• 输入/输出重定向

> : 重定向符号。echo ’hello' >file.txt>>: 输出追加到文件。echo "world" >> file.txt<: 输入重定向。cat < file.txt|:  管道，将一个命令的输出作为另一个命令的输入。示例：ls -l | grep "txt"

• 快捷方式

在开始学习Linux命令之前，有这么一些快捷方式，是必须要提前掌握的，它将贯穿整个Linux使用生涯。

通过上下方向键 ↑ ↓ 来调取过往执行过的Linux命令；

命令或参数仅需输入前几位就可以用 Tab 键补全；

Ctrl + R ：用于查找使用过的命令（history命令用于列出之前使用过的所有命令，然后输入!命令加上编号 (!2) 就可以直接执行该历史命令）；

Ctrl + L：清除屏幕并将当前行移到页面顶部；

Ctrl + C：中止当前正在执行的命令；

Ctrl + U：从光标位置剪切到行首；

Ctrl + K：从光标位置剪切到行尾；

Ctrl + W：剪切光标左侧的一个单词；

Ctrl + Y：粘贴Ctrl + U | K | Y剪切的命令；

Ctrl + A：光标跳到命令行的开头；

Ctrl + E：光标跳到命令行的结尾；

Ctrl + D：关闭Shell会话；

文件和目录

root@share-gx3t68ba33:/# ll 
drwxr-xr-x  19 root root       4096 Dec 19 15:50 ./      #根目录 
drwxr-xr-x  19 root root       4096 Dec 19 15:50 ../ 
lrwxrwxrwx   1 root root          7 Aug  9  2022 bin -> usr/bin/   #binary的缩写，文件中包含所有用户可以使用的可执行文件 
drwxr-xr-x   3 root root       4096 Nov 15 10:58 boot/         #包含与linux启动相关的文件 
drwxr-xr-x  20 root root       4100 Nov 15 10:57 dev/          #device的缩写，文件中对应外设 
drwxr-xr-x 121 root root      12288 Nov 25 17:13 etc/          #包含系统配置文件 
drwxr-xr-x   2 root root       4096 Apr  1  2024 home/         #用户的私人目录 
lrwxrwxrwx   1 root root          7 Aug  9  2022 lib -> usr/lib/   #library的缩写，包含被程序调用的库文件，root用户可以根据需求建立不同的库文件 
lrwxrwxrwx   1 root root          9 Aug  9  2022 lib32 -> usr/lib32/   
lrwxrwxrwx   1 root root          9 Aug  9  2022 lib64 -> usr/lib64/ 
lrwxrwxrwx   1 root root         10 Aug  9  2022 libx32 -> usr/libx32/ 
drwx------   2 root root      16384 Jun  6  2023 lost+found/  # 
drwxr-xr-x   2 root root       4096 Aug  9  2022 media/  #媒体，可以移动的外设 
drwxr-xr-x   3 root root       4096 Dec  9 14:48 mnt/    #mount的缩写，表示挂载，类似midia，一般表示临时挂载的一些装置 
drwxr-xr-x   3 root root       4096 Nov 25 13:40 opt/    #optional application software package的缩写，用于安装第三方软件和插件 
dr-xr-xr-x 539 root root          0 Nov 11 11:56 proc/   # 
drwx------  14 root root       4096 Dec 19 10:11 root/   #root用户的家目录 
drwxr-xr-x  38 root root       1240 Dec 19 10:20 run/    # 
lrwxrwxrwx   1 root root          8 Aug  9  2022 sbin -> usr/sbin/  #系统级的可执行文件 
drwxr-xr-x   2 root root       4096 Aug  9  2022 srv/    #service的缩写，包含一些网络服务启动之后所需的数据 
-rw-------   1 root root 2147483648 Jun  6  2023 swap.img 
dr-xr-xr-x  13 root root          0 Nov 11 11:56 sys/ 
drwxrwxrwt  29 root root       4096 Dec 19 14:59 tmp/    #temporary的缩写，普通用户和程序存放临时文件的地方 
drwxr-xr-x  14 root root       4096 Aug  9  2022 usr/    #unix software resource的缩写，安装了大部分用户要调用的程序 
drwxr-xr-x  12 root root       4096 Mar 26  2024 var/   
drwxr-xr-x   3 root root       4096 Dec 17 16:13 work/   #root用户按需建立的文件

需要注意第一列表示文件或者目录的权限。

d ：表示目录，就是说这是一个目录，普通文件是 - ，链接是 l 。

r ：read表示文件可读。

w ：write表示文件可写，一般有写的权限，就有删除的权限。

x ：execute表示文件可执行。

-：表示没有相应权限。

drwxr-xr-x表示的意思就是：它是一个文件夹，它的所有者有读、写、执行权限；它的群组用户有读、执行权限，没有写的权限；它的其他用户有读、执行权限，没有写权限。

vim编辑器

Vim简单来说就是一个程序开发工具。是从 vi 发展出来的一个文本编辑器。其代码补全、编译及错误跳转等方便编程的功能特别丰富。

Vim 常用模式：交互模式、输入模式、底线命令模式。

• 交互模式：

是vim的默认模式，每次运行vim程序的时候，就会进入这个模式。在这个模式下，通过键盘键入的不是输入字符而是命令：

i -- 切换到输入模式，在光标当前位置开始输入文本。

x -- 删除当前光标所在处的字符。

: -- 切换到底线命令模式，以在最底一行输入命令。

a -- 进入输入模式，在光标下一个位置开始输入文本。

o：在当前行的下方插入一个新行，并进入插入模式。

O -- 在当前行的上方插入一个新行，并进入输入模式。

dd -- 剪切当前行。

yy -- 复制当前行。

p（小写） -- 粘贴剪贴板内容到光标下方。

P（大写）-- 粘贴剪贴板内容到光标上方。

u -- 撤销上一次操作。

Ctrl + r -- 重做上一次撤销的操作。

• 输入模式：

在命令模式下按下 i 就进入了输入模式，使用 Esc 键可以返回到普通模式。

在输入模式中，可以使用以下按键：

字符按键以及Shift组合，输入字符

ENTER，回车键，换行

BACK SPACE，退格键，删除光标前一个字符

DEL，删除键，删除光标后一个字符

方向键，在文本中移动光标

HOME/END，移动光标到行首/行尾

Page Up/Page Down，上/下翻页

Insert，切换光标为输入/替换模式，光标将变成竖线/下划线

ESC，退出输入模式，切换到命令模式

• 底线命令模式：

这个模式下可以运行一些命令例如 “退出”，“保存”，等动作。

:w -- 保存文件。

:q -- 退出 Vim 编辑器。

:q! -- 强制退出Vim 编辑器，不保存修改。

也可以用这个模式来激活一些 Vim 配置，例如语法高亮，显示行号，等。甚至还可以发送一些命令给终端命令行，例如ls、cp。

为了进入命令模式，首先要进入交互模式，再按下冒号键。

• 用一张图表示三种模式如何切换：